وبالنسبة لأتعاب المحكمين ونفقات التحكيم الأخرى ،تتولى تحديدها عادة مؤسسة التحكيم في التحكيم المؤسسي . وجرت العادة أن يتم هذا التحديد استناداً لنسب معينة من مبلغ المطالبة. وإذا كان التحكيم طليقاً ( حراً) ، كثيراً ما يتولى تحديدها المحكمون. وفي الحياة العملية، غالباً ما توزع الأتعاب مناصفة بين طرفي التحكيم، على الأقل في المرحلة التي تسبق صدور الحكم النهائي. وإذا رفض أحــد الطرفين دفع نصيبه من الأتعاب قد توقف هيئة التحكيم الإجراءات، إلى حين دفعها من قبل الطرف الثاني، الذي قد يكون ناقص الأهلية. وعند صدور الحكم، ليس بالضرورة أن يتضمن هذا الحكم توزيع النفقات والأتعاب على الطرفين بنسبة الربح والخسارة في القضية، بل قد يتم توزيعها مناصفة بينهما ، بالرغم من أن أحدهما، ناقص الأهلية مثلاً، قد كسب القضية كاملة. وبالنسبة لهذه المسألة بالذات، كثيراً ما تقع الخلافات بين أطراف التحكيم والمحكمين، حول أتعاب التحكيم ومغالاة المحكمين في تقديرها، إلى حد الخصومة القضائية، والطعن ببعضهم البعض، بما في ذلك رفع دعاوى لرد المحكمين بسبب هذه الخصومة. ويعني ذلك نقل خصومة الأطراف أمام المحكمين، إلى خصومة بين الأطراف والمحكمين أمام القضاء.
