تختلف طريقة تحديد أتعاب المحكم في التحكيم المؤسسي عنها في التحكيم الخاص ad hoc ففي مجال التحكيم المؤسسي، ومحكمة لندن للتحكيم الدولي، ومركز القاهرة الإقليمي. لذلك يلتزم أطراف التحكيم المؤسسي، بأداء الأتعاب المحددة وفقا لقواعد هذه المنظمات، دون أن يحق لهم المطالبة قضاء بتخفيضها، لأنهم ارتضوا مقدما هذه الأتعاب بتبنيهم لقواعد التحكيم وفقا لنظام المؤسسة التحكيمية.
ويلتزم طرفا التحكيم عادة بأتعاب المحكم مناصفة بإيداعها أثناء إجراءات التحكيم، وحتي يصدر الحكم، إذ يحدد الحكم عادة، الطرف الذي يلتزم بأتعاب التحكيم ونفقاته سواء بتوزيعها مناصفة بين الطرفين أو إلزام الطرف الخاسر بها، أو بإلزام كل طرف من الطرفين بنسبة معينة منها يحددها الحكم وفقا لما قضی به لصالح كل منهما.
ومتى استحق المحكم أتعابه وقبضها، فلا يجوز لأحد أطراف التحكيم طلب استردادها بحجة أن حكم التحكيم قد قضى ببطلانه. وفي حكم حديث المحكمة النقض المصرية.
وهو دفاع جوهرى يتسم بالجد ومن شأنه أن يتغير به وجه الرأي في الدعوى، ويعيب الحكم المطعون فيه بما يوجب نقضه دون حاجة لبحث باقي أسباب الطعن .
