تنتهي مهمة هيئة التحكيم، أما انتهاء طبيعياً، يتمثل بصدور حكم في النزاع موضوع الدعوى التحكيمية، وأما بطريق غير طبيعي، بالتنحي أو العزل أو الرد. ولما كان الانتهاء الطبيعي سيكون محل بحث في الفصل الثالث - إن شاء الله . لذا سنركز على الانتهاء غير الطبيعي، وذلك في الفقرات الآتية: الحكم واعتزاله .
تطرقنا سابقاً إلى أن قبول المحكم المهمة بعد تبليغه من الاطراف أو من المحكمة تحريريا، يحول دون حقه في التنحي في وقت لم يبين فيه الاسباب المقنعة لذلك، ونرى ان طلب التنحي إن كان مقدما لطرفي النزاع اللذين اختاراه واتفقا على قبوله، فلا مشكلة تبرز ، لأن تعيينه تم بإرادتهما وأن تنحيه يتم بذلك ايضا، إذ يتم تعيين البديل بالطريقة التي تم بها تعيين المتنحي، أما إذا كان التعيين من قبل المحكمة، فيقدم طلب التنحي إلى الأخيرة ذاتها وهي التي تدرس مقبولية السبب من عدمه، وتقرر ما تراه على وفق التحقيقات التي تجريها . وفي كل الحالات نرى أن طلب تنحي المحكم يتطلب دراسته جيدا مع ملاحظة أنه من الصعوبة إلزام شخص بالقيام بمهمة هو غير راغب فيها، أو قد تسبب له الحرج والضيق، شأنه شأن القاضي الذي لم يشترط القانون ابداءه سببا للتنحي .