الأصل في اختيار هيئة التحكيم البحرى هو اختيارها بواسطة الأطراف الذين أرادوا باتفاقهم على التحكيم إبعاد النزاع عن متناول القاضي الوطني.
ففي المعاهدات الدولية المتعلقة بالتحكيم: ووفقاً للفقرة الأولى من المادة الخامسة من اتفاقية نيويورك 1958 بشأن الاعتراف وتنفيذ أحكام المحكمين الدولية، يمكن رفض الاعتراف ورفض تنفيذ حكم التحكيم الدولي إذا لم يتطابق تشکیل محكمة التحكيم مع المقتضيات الواردة في اتفاق التحكيم .
ووفقا للمادة العاشرة من قانون التحكيم الانجليزی 1950 ،والفقرة الرابعة من المادة السادسة من قانون التحكيم الانجليزي 1979، فإن الأصل في تعيين المحكمين هو نص اتفاق التحكيم على تعيينهم أو على طريقة تعيينهم.
وفي لوائح التحكيم البحري المؤسسي تتجلى حرية الأطراف في اختبار هيئة التحكيم: فوفقاً للمادة الخامسة من لائحة تحکیم غرفة التحكيم البحري لاتتدخل اللجنة العامة للغرفة للمساعدة في تعيين المحكمين .
كما تتجلى حرية الأطراف في اختيار هيئة التحكيم البحري في لائحة تحكيم المنظمة الدولية للتحكيم البحري أوضح منها في لائحة غرفة التحكيم البحري بباريس.
وهكذا فإن الأصل في اختيار هيئة التحكيم البحرى هو اختيارها بواسطة الأطراف تمشياً مع الطابع التعاقدي لاتفاق التحكيم البحري. وهذه الطريقة ولاشك تعد هي الأفضل لتعيين المحكمين ، والأكثر تعبيراً عن رغبة الأطراف في اختيار محكمين يحوزون ثقتهم لكفاءتهم وتخصصهم.