الأصل في اختيار هيئة التحكيم البحرى هو اختيارها بواسطة الأطراف الذين أرادوا باتفاقهم على التحكيم إبعاد النزاع عن متناول القاضي الوطني .
ففى المعاهدات الدولية المتعلقة بالتحكيم: ووفقاً للفقرة الأولى من المادة الخامسة من اتفاقية نيويورك ۱۹۵۸ بشأن الاعتراف وتنفيذ أحكام المحكمين الدولية، يمكن رفض الاعتراف ورفض تنفيذ حكم التحكيم الدولى إذا لم يتطابق تشكيل محكمة التحكيم مع المقتضيات الواردة في اتفاق التحكيم .
ووفقاً للمادة العاشرة من قانون التحكيم الانجليزي ١٩٥٠، والفقرة الرابعة من المادة السادسة من قانون التحكيم الانجليزي ۱۹۷۹ ، فإن الأصل في تعيين المحكمين هو نص اتفاق التحكيم على تعيينهم أو على طريقة تعيينهم .
وفي لوائح التحكيم البحرى المؤسسى تتجلى حرية الأطراف في اختيار هيئة التحكيم: فوفقاً للمادة الخامسة من لائحة تحكيم غرفة التحكيم البحرى لا تتدخل اللجنة العامة للغرفة للمساعدة في تعيين المحكمين إلا عندما لا يتفق أطراف النزاع على تعيين المحكم الواحد في حالة تشكيل هيئة التحكيم من محكم ،واحد ، أو عندما لا يتفق الأطراف كل على تعيين محكمة في حالة تشكيل هيئة التحكيم من ثلاثة محكمين، فإذا تعدد المدعى عليهم فإن من حقهم الاتفاق فيما بينهم علي تعيين محكم واحد، وأخيراً فإن من حق الأطراف اختيار محكميهم من خارج قائمة محكمى الغرفة بشرط قبول الغرفة لهذا التعيين .
كما تتجلى حرية الأطراف فى اختيار هيئة التحكيم البحري في لائحة تحكيم المنظمة الدولية للتحكيم البحرى بأوضح منها في لائحة غرفة التحكيم البحرى بباريس .
وهكذا فإن الأصل في اختيار هيئة التحكيم الـبـحـرى هو اختيارها بواسطة الأطراف تمشياً مع الطابع التعاقدي لاتفاق التحكيم البحرى. وهذه الطريقة ولاشك تعد هي الأفضل لتعيين المحكمين ، والأكثر تعبيراً عن رغبة الأطراف في اختيار محكمين يحوزون ثقتهم لكفاءتهم وتخصصهم .