يقتضى الكلام عن المحكمة المختصة بطلب وقف التنفيذ التمييز بين المنازعة في التنفيذ ووقف التنفيذ من محكمة الطعن. فمن ناحية وجه التماثل نجد أنهما يعدان من صور الحماية الوقتية، وهنا فقط يقف وجه التماثل بينهما . أما أوجه الاختلاف بينهما فتتمثل في أن كل منهما يخضع لنظام قانوني متميز، سواء في ذلك من حيث الاختصاص أم الإجراءات أم شروط القبول أم شروط الحكم.
ويمكن القول بأنه، لما كان موضوع المنازعة في القوة التنفيذية للحكم، يرد على الحكم من حيث صلاحيته للتنفيذ . أما منازعة التنفيذ فترد على ذات التنفيذ، وما يشوبه من عيوب، سواء من حيث مقدماته أم أركانه .
ويترتب على التفرقة بين وقف التنفيذ والمنازعة في التنفيذ، أن أحدهما لا يغني عن الآخر، لذلك يستطيع أي طرف طلب وقف تنفيذ حكم القضاء أمام محكمة الطعن أن يتقدم بإشكال أمام قاضي التنفيذ عند تنفيذ الحكم المطعون عليه، فمجال الإشكال دائما واقعة لاحقة على الحكم الحاصل التنفيذ بمقتضاه، كما أن أسباب دعوى البطلان لا تتسع لكى تشمل ما يمكن أن يبنى عليه الإشكال من أسباب. لذا فإن طلب وقف التنفيذ ، يدخل في اختصاص المحكمة، التي تنظر دعوى بطلان حكم التحكيم.