يقتضى الكلام عن المحكمة المختصة بطلب وقف التنفيذ التمييز بين المنازعة في التنفيذ ووقف التنفيذ من محكمة الطعن. أما أوجه الاختلاف بينهما فتتمثل في أن كل منهما يخضع لنظام قانوني متميز.
ما منازعة التنفيذ فترد على ذات التنفيذ، وما يشوبه من عيوب، سواء من حيث مقدماته أم أركانه.
ويترتب على التفرقة بين وقف التنفيذ والمنازعة في التنفيذ ، أن أحدهما لا يغنى عن الآخر، لذلك يستطيع أى طرف طلب وقف تنفيذ حكم القضاء أمام محكمة الطعن أن يتقدم بإشكال أمام قاضي التنفيذ عند تنفيذ الحكم المطعون عليه، فمجال الإشكال دائما واقعة لاحقة على الحكم الحاصل التنفيذ بمقتضاه، . لذا فإن طلب وقف التنفيذ ، يدخل في اختصاص المحكمة، التي تنظر دعوى بطلان حكم التحكيم.
وقد حسم قانون التحكيم المصرى هذه المسألة بمقتضى المادة ٥٧، التي تنص على أنه لا يترتب على رفع دعوى البطلان وقف تنفيذ حكم التحكيم، ومع ذلك يجوز للمحكمة أن تأمر بوقف التنفيذ إذا طلب المدعى ذلك في صحيفة الدعوى، وكان الطلب مبنيا على أسباب جدية».
ويتضح من هذا النص أن المحكمة المختصة بنظر طلب وقف حكم التحكيم هي نفسها المحكمة التي خولها القانون نظر دعوى البطلان، وهي المحكمة المختصة أصلا بنظر النزاع. أما إذا كان التحكيم تجاريا دوليا، سواء جرى فى مصر أم الخارج، فيكون الاختصاص لمحكمة استئناف القاهرة، ما لم يتفق الطرفان على اختصاص محكمة استئناف أخرى في مصر.