لا بد أن تراعي هيئة التحكيم عند الفصل في موضوع النزاع شروط العقد وعليها أن تأخذ بعين الاعتبار الأعراف التجارية في نوع المعاملة والعادات المتبعة وما جرى عليه التعامل بين الطرفين ، وتتبع هيئة التحكيم عند الفصل في موضوع النزاع شروط أطراف اتفاق التحكيم بحيث تطبق على موضوع النزاع القواعد القانونية التي اتفق الطرفان على أن تكون القانون الواجب التطبيق ، على أنه إذا لم يكن هناك اتفاق بين أطراف النزاع تولت هيئة التحكيم تطبيق القواعد الموضوعية في القانون الذي ترى أنه الأكثر اتصالاً بالنزاع .
هذا وتنوعت الاتجاهات في تحديد القواعد القانونية الأكثر اتصالاً بالنزاع وتفاوتت من حيث رجحناها لدى الفقهاء أو في قرارات التحكيم أو أحكام القضاء ، وكان هذا التفاوت مؤسساً على ضرورة إعطاء المحكم حرية في تعيين القانون الواجب التطبيق على موضوع النزاع ، ولا يكون اختيار المحكم للقانون عشوائياً بقدر ما يكون هذا الاختيار ناجماً عن ضرورة كون القانون الذي سيطبقه القاضي أكثر ارتباطاً بموضوع النزاع على نحو يكون أنسب من غيره من القوانين ، وقد يكون تحديد القانون الواجب التطبيق عند غياب إرادة أطراف النزاع عن تحديده أن يتبع المحكم قواعد القانون الدولي الخاص للاستدلال عليه ، وتكون القواعد القانونية في هذه الحالة هي قانون دولة هيئة التحكيم ، وقد يكون تحديد القانون الواجب التطبيق باتباع المحكم قواعد تنازع القوانين في قانون معين ليتحدد على ضوءها قواعد القانون الذي يحكم النزاع ، وقد تكون فكرة القانون الأنسب موضوعاً ترسخت عند هيئات التحكيم كمبدأ يتم الأخذ به كقانون واجب التطبيق عند غياب إرادة الطرفين في تعيين القانون الواجب التطبيق .
ويصدر حكم المحكم مكتوباً ، ويجب أن يوقعه المحكم أو المحكمون كلهم أو بأغلبيتهم وأن يبين الحكم سبب عدم توقيع الأقلية ، ويكون هذا الحكم معللاً مشتملاً أسماء الخصوم وعناوينهم المحكمين وعناوينهم وجنسياتهم وصفاتهم ، وموجز عن اتفاق التحكيم وملخصاً لطلبات الخصوم وأقوالهم والمستندات التي قدموها ، ومنطوق الحكم وتاريخ ومكان إصدار الحكم وأسبابه إذا كان ذكر هذه الأسباب واجباً ، وتحديد أتعاب المحكمين ونفقات التحكيم وكيفية توزيعها بين الأطراف .
كما تلتزم هيئة التحكيم بأن تصدر قرارها خلال اثني عشر شهراً من تاريخ ابتداء إجراءات التحكيم لها تمديد هذه المدة ستة أشهر أخرى ، ولها أن تمدد هذه المدة لأكثر من ذلك باتفاق أطراف النزاع ، وأنه في الوقت الذي لا يصدر فيه حكم المحكمين ضمن مدة الاثني عشر شهراً أو الستة أشهر التالية نتيجة تمديد المدة فإنه يكون لأي من طرفي التحكيم الطلب إلى رئيس محكمة الاستئناف أن يصدر أمراً لتحديد موعد إضافي ولرئيس المحكمة إنهاء إجراءات التحكيم (إذا انهى رئيس محكمة الاستئناف إجراءات التحكيم وفق نص المادة 37/ب يكون لأي من طرفي النزاع رفع دعواه إلى المحكمة المختصة أصلاً بنظرها ، وهنا يعني أن المحكمة المخصة في هذا الحكم ليست محكمة الاستئناف بي محكمة الدرجة الأولى) .
هذا ويكون حكم المحكم فاصلاً بالنزاع بقرار يوقعه المحكم أو هيئة التحكيم ويكون صدور القرار بإجماع هيئة التحكيم أو بالأغلبية ، ولأطراف النزاع خلال إجراءات التحكيم أن يتفقا على تسوية النزاع فيما بينهما هذه الحالة فإن لهما أن يطلبا إثبات شروط التسوية أمام هيئة التحكيم ، وعلى هيئة التحكيم أن تصدر قراراً يتضمن شروط التسوية وتنتهي بها إجراءات التحكيم ، ويكون القرار بهذه الصورة ما لأحكام المحكمين من قوة تنفيذية .