المبادئ الواجب علي الهيئة مراعاتها عند الفصل في موضوع النزاع :
أما عن المبادئ التي يجب علي هيئة التحكيم أن تراعيها عند تصديها للقانون واجب التطبيق علي موضوع النزاع ، فقد نصت المادة 39 في فقرتها الثالثة علي أن " تراعي هيئة التحكيم عند الفصل في موضوع النزاع شروط العقد محل النزاع و الأعراف الجارية في نوع المعاملة ".
ونحن نري ومعنا رأي من الفقه بأن الفقرة الثالثة من المادة 39 من القانون المصري للتحكيم تمثل نوعاً من المزايدة من المشرع ، إذ أن من غير الممكن لهيئة التحكيم أن تحكم في موضوع النزاع دون أن تراعي شروط العقد للوصول إلي حكم سديد في النزاع القائم بين الطرفين ، باعتبار أن هذا الأمر من موجبات بحث القضية المعروضة على الهيئة ، كما أن من واجبات الهيئة أيضا أن تراعي الأعراف السائدة علي موضوع النزاع ، باعتبار أن الأعراف من مصادر القانون التي يحق للهيئة دون النص عليها أن تعمل بها، لأنها شكل مصدرا من مصادر القانون المتفق علي تطبيقه علي موضوع النزاع.
وعلى أية حال فإن التأكيد علي القواعد التي تتبعها الهيئة في الفصل في موضوع النزاع أمراً محموداً ، باعتبار أنه يسهل علي القاضي الوطني الرجوع إلى قانون التحكيم في جميع الأحوال لكي يستمد منه كافة المسائل المتعلقة بسير العملية التحكيمية ، ومراعاة الهيئة للقانون واجب التطبيق علي موضوع النزاع.