يلاحظ أنه سواء طبقت هيئة التحكيم قواعد قانونية اتفق الاطراف على تطبيقها أو تلك التي رأت الهيئة- عند عدم اتفاق الاطراف – أنها الاكثر أتصالا بالنزاع ، فأنه " يجب أن تراعي هيئة التحكيم عند الفصل في موضوع النزاع شروط العقد محل النزاع " . ( 3/۳۹ من قانون التحكيم ) . والنص على وجوب مراعاة شروط العقد محل النزاع هو تطبيق لقاعدة أن العقد شريعة المتعاقدين . فالعقد هو الذي يحدد حقوق والتزامات الاطراف .
وجوب مراعاة هيئة التحكيم الأعراف الجارية : ينبغي على هيئة التحكيم أن تراعي أيضاً " الأعراف الجارية في نوع المعاملة " ( 4/39 ) ، ويقع عليها هذا الواجب سواء كانت تطبق قواعد قانونية اختارها الأطراف أو قانونا رأت هي تطبيقة . وذلك أن النص على تطبيق الأعراف الجارية ورد في فقرة مستقلة من المادة 39. فإذا كان النزاع يتعلق بتجارة الأقطان ، فيجب على هيئة الحكيم أن تراعي ما جرى عليه العرف بالنسبة لدفع الثمن وتقدير نوع القطن ودرجة جودته وكيفية وزنه والمسئول عن عمليات حلجة ... ألخ . ولا يفترض علم هيئة التحكيم بالأعراف الجارية ولهذا فإن على الطرف ذي المصلحة التمسك بها . وتقديم الدليل على وجودها ، ما دام أنه يرى فيها سندا قانونيا لما يقدمة من أدعاء أو دفاع.
