تطبيق هيئة التحكيم على موضوع النزاع القواعد التي يتفق الطرفان، وإذا اتفقا على تطبيق قانون دولة معينة اتبعت القواعد الموضوعية فيه دون القواعد الخاصة بتنازع القوانين مالم يتفق على غير ذلك.
إذا لم يتفق الطرفان على القواعد القانونية واجبة التطبيق على موضوع النزاع، طبقت هيئة التحكيم القواعد الموضوعية في القانون الذي ترى أنه الأكثر اتصال بالنزاع، كقانون الدولة التي سجلت فيها العلامة التجارية، أو التي استخدمت فيها تلك العلامة فعلياً، أو التي تنتج فيها السلع أو تقدم فيها الخدمات الحاملة لتلك العلامة. ويجب أن تراعي هيئة التحكيم عند الفصل في موضوع النزاع شروط العقد محل النزاع، والأعراف الجارية في شأن العلامات التجارية.
يجوز لهيئة التحكيم- إذا اتفق طرفاً التحكيم صراحة على تفوضها بالصلح – أن تفصل في موضوع النزاع على مقتضى قواعد العدالة والإنصاف دون التقيد بأحكام القانون.