خصومة التحكيم لها طبيعة خاصة تختلف عن الخصومة القضائية، فإذا كان الوقف الاتفاقي الإجراءات السير في الدعوى جائز في قوانين المرافعات أمام القضاء، فإنه من باب أولى جوازه في التحكيم والتي تهيمن إرادة الأطراف على تنظيم إجراءاته. وإعمالاً لمبدأ سلطان الإرادة يؤدي إلى القول بإمكانية اتفاق الخصوم على وقف سير خصومة التحكيم المدة التي يحددونها رغبة في إنهاء النزاع صلحاً بدلاً من أن یکون تحكيماً، إضافة إلى جواز الاتفاق على إنهاء التحكيم بغير حكم . ويتوجب اتفاق الأطراف جميع على وقف السير في إجراءات الخصومة، فإذا طلبه أحدهم فقط من هيئة التحكيم ورفضه الأخر، فإنه يلتزم هيئة التحكيم بالسير في الإجراءات، إلا إذا كان الطلب يدخل في إحدى حالات الوقف بقرار منها .
ويجوز الاتفاق على وقف سير إجراءات خصومة التحكيم للمدة التي يرونها الأطراف مناسبة ، فالخصوم لا يتقيدون بمدة معينة، وذلك عكس الوقف الاتفاقي أمام القضاء العادي، حيث لا يجوز أن تزيد المدة عن ستة أشهر من تاريخ إقرار المحكمة لاتفاق الأطراف بشأن الوقف والعلة من هذا الميعاد هو منع تكدس القضايا أمام القضاء . غير أنه يتعين على الأطراف مراعاة أن تكون مدة الوقت المتفق عليها معقولة وعدم إطالتها حتى لا يفقد قضاء التحكيم ميزته، ألا وهي السرعة في الفصل في النزاع، ومتى ما اتفق الخصوم على الوقف وجب على هيئة التحكيم وقف سير الخصومة حتى ولو كانت الخصومة تهيأت الحكم في موضوعها، على عكس الحال في القضاء، لأن التحكيم أساسه الاتفاق فلا يجوز إهداره فقد يرى الأطراف أن مصلحتهم في عدم صدوره إنهاء النزاع صلحا .
