يقصد بعوارض خصومة التحكيم الإلكتروني ما يطرأ عليها من حوادث أثناء سيرها تؤدي إلى وقفها أو انقطاعها أو انقضائها بغير حكم في موضوعها. ولا تخضع خصومة التحكيم الإلكتروني نظراً لطبيعتها الاتفاقية لنظام الشطب عند غياب المدعي.
ويقصد بانقطاع خصومة التحكيم الإلكتروني: وقف سيرها بقوة القانون نتيجة لتصدع ركنها الشخصي، وينقطع سير الخصومة أمام هيئة التحكيم الإلكتروني في الأحوال ووفقاً للشروط المقررة لذلك في قانون المرافعات المدنية والتجارية (م38) تحكيم مصري.
وينقطع سير الخصومة بحكم القانون بوفاة أحد الخصوم، أو بفقده أهلية الخصومة، أو بزوال صفة من كان يباشر الخصومة عنده من النائبين.
ويقصد بوقف خصومة التحكيم الإلكتروني عدم السير فيها إذا ما طرأ عليها أحد أسباب الوقف أثناء سيرها مثل: وقف الخصومة لحين الفصل في مسألة أولية تخرج عن ولاية هيئة التحكيم، ووقف الخصومة لحين تعيين محكم بديل في حالة رد أو عزل أو تنحي أحد المحكمين، ووقف الخصومة لحين تسوية النزاع بالصلح أو بالوساطة أو بالتوفيق...ويترتب على وقف خصومة التحكيم الإلكتروني باتفاق جميع الأطراف أو بقرار من هيئة التحكيم الإلكتروني أو بقوة القانون نفس الآثار المترتبة على انقطاعها من: وقف جميع المواعيد التي كانت جارية في حق الخصوم، وتعتبر خصومة التحكيم الإلكتروني في فترة الوقف راكدة .
ويترتب على إنهاء إجراءات التحكيم الإلكتروني انتهاء خصومة التحكيم الإلكتروني، وانتهاء مهمة وولاية هيئة التحكيم.
