تدير الهيئة النزاع وفقا لما تحدده ارادة الأطراف ، فاذا تم الاتفاق على اخضاع التحكيم لقانون معين فيما يتعلق بقواعد الاثبات ، تعين مراعاة نصوص هذا القانون ، واذا ترك الاختيار للهيئة فلها أن تختار قانونا معينا أو تضع قواعد يتم الاتفاق عليها مع الأطراف لتنظيم كيفية الاثبات وما يقبل ومالا يقبل من أدلة .
وقد عالج القانون استعانة الهيئة بالخبرة (١٤٧) ، فخولها امكانية انتداب خبير أو أكثر تحدد له الهيئة المسائل موضوع التقرير المطلوب منه اعداده كتابة أو شفاهة . ويجب أن ترسل الهيئة صورة من قرارها بتحديد مهمة الخبير الى الأطراف الذين يجب عليهم تقديم المعلومات اللازمة التي قد يطلبها الخبير للقيام بمهمته ويدخل في ذلك اطلاعه على الوثائق والمستندات المتعلقة بموضوع النزاع ، أو تمكينه من فحص البضائع أو الأموال الأخرى كمعاينة المنشآت أو الأجهزة التي ثار النزاع بشأنها .
واذا قدم الخبير تقريره ، وتم ارسال صورة منه لكل طرف ، فيمكن الاكتفاء بذلك ، كما يمكن للهيئة بمبادرة منها أو بناء على طلب أحد الأطراف ، طلب عقد جلسة لسماع أقوال الخبير ومناقشته . ويحق لكل طرف أن يقدم خبيرا أو أكثر من طرفه للمناقشة وابداء الرأى فيما تضمنه تقرير الخبير المنتدب من الهيئة ولا يمتنع ذلك إلا اذا اتفق الأطراف على الاكتفاء بتقرير الخبير المنتدب وعدم جواز تقديم خبراء من قبلهم. وكما تملك الهيئة انتداب الخبراء تملك طلب الشهود وسماع أقوالهم ، سواء بمبادرة منها أو بناء على طلب أحد الأطراف واذا امتنع الشاهد عن الحضور أو حضر وامتنع عن الإجابة ، فللهيئة أن تلجأ للمحكمة المختصة أصلا بالنزاع اذا تطلق الأمر بتحكيم غير دولى أو محكمة إستئناف القاهرة ، أو محكمة الاستئناف المتفق عليها اذا تعلق الأمر بتحكیم تجاری دولی ، کی توقع على الشاهد الجزاءات المنصوص عليها في المادتين ۷۸ و ۸۰ من قانون الاثبات .
