يترتب على قبول هيئة التحكيم لمهمتها أن تبدأ الهيئة في نظر القضية ونشأة خصومة التحكيم وهي مجموعة من الإجراءات التي تم الاتفاق عليها خلال فترة زمنية هي مهلة التحكيم أو التي يحددها القانون وتستهدف هذه ا المنازعة المعروضة على هيئة التحكيم وتكوين الرأي فيها توصلاً لإصدار الحكم .
ما أثر الطابع الاتفاقي للتحكيم على تنظيم الإجراءات ؟
نصت المادة ٢٥ من القانون ۲۷ لسنة ١٩٩٤ على أن الطرفي التحكيم الاتفاق على الإجراءات التي تتبعها هيئة التحكيم بما في ذلك حقهما في إخضاع هذه الإجراءات للقواعد النافذة في أي منظمة أو مركز تحكيم في جمهورية مصر العربية أو خارجها .. فإذا لم يوجد مثل هذا الاتفاق كان لهيئة التحكيم مع مراعاة أحكام هذا القانون أن تختار إجراءات التحكيم التي تراها مناسبة . ويتضح من هذا النص أنه إذا كانت رابطة الخصومة تنشأ أيضاً عند الالتجاء إلى قضاء الدولة فإن ثمة فارق جوهري بيس الخصومة أمام قضاء الدولة وأمام التحكيم . ويرجع ذلك إلى مصدر القواعد التي تنظم الخصومة فالخصومة أمام قصاء الدولة ذات أصل قانوني كقاعدة، لأن القانون الإجرائي أي قانون المرافعات هو الذي ينظمها ويتقيد القاضي بهذه القواعد التي وضعها القانون ، أما الخصومة أمام التحكيم تتميز بالأصل الاتفاقي الذي يميز نظام التحكيم لذلك يتمتع المحكمون بسلطات أكبر من التي يتمتع بها قاضي الدولة في هذا النطاق. فهو يتقيد بالقواعد التي يتفق عليها الخصوم ، فإذا لم يتفق الخصوم على هذه الإجراءات تولت هيئة التحكيم تنظيم هذه الإجراءات بنفسها.