حيث أن أساس التحكيم هو إتفاق الأطراف وقبولهم المسبق لحكم التحكيم الذي ستصدره هيئة التحكيم، فإن هذه الهيئة ملتزمة بالقواعد الإجرائية التي اتفق عليها الخصوم.
وبذلك فإن إتفاق الأطراف هو الذي يحدد قدر المرونة التي تتمتع بها هيئة التحكيم في نظر الدعوى، فقد يقيدونها بنظام اجرائي معين، وقد يحددوا الإجراءات ذاتها وقد لا يتفقوا إلا على مبدأ التحكيم دون تحديد إجراءات.
وبذلك يكون المشرع المصري قد أعطى لطرفي التحكيم حرية الإتفاق على الإجراءات التي تتبعها هيئة التحكيم، سواء طبقاً للقانون المصري أو طبقاً للإجراءات المتبعة أمام أي منظمة أو مركز أو هيئة أو غرفة تحكيم، سواء أكان ذلك في مصر أو خارجها، وفي حالة عدم الإتفاق يكون لهيئة التحكيم تطبيق الإجراءات التي تراها مناسبة.
ويتضح من النص أن قواعد القانون النموذجي للتحكيم التجاري الدولي قد أقرت إتفاق الطرفين كمصدر أساسي أولي فيما يتعلق بإجراءات التحكيم، فإذا لم يتفق الطرفان كان لهيئة التحكيم تحديد تلك الإجراءات، ولكن بالكيفية التي تراها مناسبة مع أحكام القانون.