إذا تمسك المدعى عليه بالدفع بالتحكيم وقبلته المحكمة فإنها تحكم بعدم قبول الدعوى لوجود اتفاق التحكيم، فهي لا تقضي بإحالة الدعوى إلى هيئة التحكيم، وهي لا تقضي بالإحالة إلى التحكيم ولو كانت الخصومة قائمة بالفعل أمام هيئة التحكيم، ذلك لأن الإحالة المعروفة سواء كانت إحالة لقيام ذات النزاع أو للارتباط أو عدم الاختصاص هي الإحالة بين محاكم الدولة ولي بين محكمة وهيئة تحكيم.
وحكم المحكمة بعدم قبول الدعوى للاتفاق على التحكيم هو حكم فرعي منهي للخصومة، وهذا الحكم تستنفد به المحكمة ولايتها بالنسبة للدفع بحيث لا يجوز لها تعديل هذا الحكم أو الرجوع فيه ولو تبين لها أنها أخطأت في القانون، إلا أنها لا تستنفد به ولايتها بالنسبة للموضوع.
وهذا الحكم يقبل الطعن فيه طبقاً للقواعد العامة في الطعن، فهو يقبل الاستئناف أو لا يقبله بحسب قيمة الدعوى، فإذا طعن في الحكم بالاستئناف، وألغته محكمة الاستئناف فيجب عليها إعادة الدعوى إلى محكمة أول درجة للفصل في الموضوع لأنها لم تستنفد ولايتها بشأنه.