دفع أحد الخصوم أمامها بوجود اتفاق تحكيم، فإنه تجب إثارة هذا الدفع من المدعى عليه سواء قبل البدء في المرافعة في موضوع الدعوى أو عند البدء في ذلك تبعا لما إذا كان قانون القاضي يعتبر هذا الدفع بعدم الاختصاص إجرائياً. أما في المسائل الأخرى فيطبق القانون الذي ينص عليه اتفاق التحكيم، أو قانون الدولة التي يجب أن يصدر فيها حكم التحكيم.
ويرى أستاذنا الدكتور محسن شفيق ألا توقف الفصل في الطلب المقدم إليها وتستمر في نظره فإذا قضت بقبوله، فمعنى ذلك سلب اختصاص هيئة التحكيم فيمتنع عليها بعد ذلك مواصلة النظر في النزاع.