إذا ورد شرط التحكيم في صورة بند من بنود العقد الأصلى فإنه يستقل عن هذا العقد بمعنى أنه يعد بمثابة عقد داخل عقد، تأكيداً لنص المادة ٢٣ من قانون التحكيم على أنه "يعتبر شرط التحكيم اتفاقاً مستقلاً عن شروط العقد الأخرى ولا يترتب على بطلان العقد أو فسخه أو إنهائه أي أثر على شرط التحكيم الذي يتضمنه إذا كان هذا الشرط صحيحاً في ذاته.
وأدى ذلك إلى ظهور مبدأ أو نظرية استقلال شرط التحكيم الذي أكد عليه المشرع المصري حيث يكون الشرط بمثابة اتفاق مستقل عن باقي بنود العقد الأخرى فإذا أبطل العقد أو فسخ أو تم إنهاؤه فإن ذلك البطلان أو الفسخ أو الإنهاء لا يؤثر على شرط التحكيم الوارد ضمن شروط العقد، طالما أن هذا الشرط ورد صحيحا في ذاته.
وقد أكدت أحكام القضاء هذا المبدأ حيث ذهبت محكمة استئناف القاهرة إلى أنه "رداً على مزاعم المدعي بأنه طبقاً لقانون المرافعات يجب تعيين أشخاص المحكمين في اتفاق التحكيم، وحيث إن هذا السبب، لم يعد له محل بعد صدور قانون التحكيم الجديد والذي يحكم دعوى بطلان حكم التحكيم، وحيث إن المادة ٥٣ من قانون التحكيم المصري قد أوردت حالات البطلان على سبيل الحصر، وليس من بينها عدم تعيين أشخاص المحكمين في اتفاق التحكيم، وحيث إن المدعي قد وافق على العقد الوارد به شرط التحكيم، والذي يتضمن أن أي نزاع سيتم تسويته عن طريق التحكيم طبقاً لنظام غرفة التجارة الدولية بباريس، وأنه عندما وافق على قبول هذا الشرط يكون مفترضاً فيه أنه يعلم نظام غرفة التحكيم الدولية التى قبل أن يكون التحكيم طبقاً لقواعدها وبمراجعة قواعد الغرفة نجد أن نظامها يعطي لمحكمة التحكيم سلطة كبيرة في تعيين واعتماد المحكمين سواء أكانوا محكماً منفرداً أم هيئة مكونة من ثلاثة محكمين، وحيث إن مجرد اعتماد قواعد هيئة دولية في اتفاق التحكيم يكفي لصحة هذا الشرط وأنه سيتم تعيين المحكمين وطبقاً لقواعد هذه الهيئة الدولية التي اتفق عليها الأطراف، وحيث إن المدعي قد قبل الخضوع لقواعد غرفة التجارة الدولية بباريس، فإنه يكون قد قبل تحديد أشخاص المحكمين طبقاً لقواعد هذه الغرفة، وطبقاً للاختيار من قوائم المحكمين المعتمدين لدى هذه الهيئة الدولية في اتفاق التحكيم، وبالتالي تعد هذه القواعد مكملة لشرط التحكيم ولاتفاقه، وهي تنص بوضوح على كيفية تعيين أشخاص المحكمين طبقاً لقواعدها وقوائم المحكمين المعتمدين لديها وبتوقيع المدعي على شرط التحكيم المتضمن قواعد غرفة التجارة، يكون قد قبل تعيين المحكمين طبقاً لقواعدها مما يجعل هذا السبب الذي يستند له المدعى خليقاً بالرفض".
