تبرر الطبيعة الإجرائية للشرط التحكيمي استقلاليته عن العقد الأصلي الذي يضمن فيه. إذ يحتوي العقد حقوقا موضوعية من جهة، ولأنه ينظم حقا إجرائيا يتمثل في كيفية الفصل في هذه الحقوق الموضوعية إن وقع النزاع بشأنها من جهة أخرى.
ولذلك، لا يعتبر الشرط التحكيمي جزءا من العقد الذي ضمن فيه، إذ يحتوي العقد الأصلي عقدا يضم إنشاء وانقضاء أو انتقال حق موضوعي من جهة وينظم من جهة ثانية للجانب المسطري المرتبط بهذه الحقوق .
وتتمثل استقلالية شرط التحكيم في حصانته من العيوب التي يمكن أن تلحق العقد الذي ضمن فيه.
ولا يترتب عن بطلان العقد الأصلي لعدم مشروعيته بطلان شرط التحكيم على خلاف بقية الشروط الأخرى لنفس العقد لأن استقلالية شرط التحكيم تحميه من أن يطاله البطلان، ويسمح بانعقاد محكمة الهيئة التحكيمية لمعاينة البطلان أو الحكم بالإبطال أو الفسخ حسب الأحوال.
