مبدأ استقلالية شرط التحكيم من المبادئ الأساسية في قانون التحكيم البحريني، وإبطال العقد المتضمن شرط تحكيم لا يؤثر على صحة شرط التحكيم وسريانه، إلا إذا كان البطلان بسبب نقص أهلية أحد المتعاقدين، لأن الأهلية لازمة في إبـرام شـرط التحكيم، وكذلك الحال بالنسبة للتحكيم الداخلي في قانون المرافعات المدنية والتجارية البحريني. إذ يستفاد من نصوص القانون المذكور استقلال الشرط التحكيمي.
ويترتب على ورود شرط تحكيم في عقد من العقود (سواء كان الأمر يتعلق بالتحكيم الداخلي أم كان تحكيما دوليا) نزول الخصوم بإرادتهم عن حقهم في اللجوء إلى جهـة القضاء المختصة أصلاً بنظر الدعوى، ويجوز التمسك بوجود شرط تحكيم أمام المحكمة التي يرفع إليها نزاع بشأن تنفيذ عقد متضمن لشرط التحكيم ويكون الدفع المبــدى في التحكيم الداخلي دفعا بعدم سماع الدعوى، أما في التحكيم الدولي فإن الدفع يكون في صورة دفع بعدم الاختصاص ويجب أن يتمسك به أحد الطرفين في بداية نظر الدعوى وعند تقديم مذكرة الدفاع الأولى.
