على الرغم من المزايا الكثيرة للتحكيم - سالفة الذكر - إلا أنه لا يخلو من بعض العيوب؛ فقد تتواجد بعض الظروف التي تحول دون تحقق كل أو بعض المميزات السابقة منذ بداية إجراءات التحكيم حتى مرحلة صدور الحكم.
1- تنوع وتعدد النصوص القانونية المنظمة للتحكيم في أكثر من قانون خاص نظرا لتعدد أنواعه، حيث نجد للتحكيم نصوصاً في قانون قطاع الأعمال العام وقانون ضمانات وحوافز الاستثمار، وقانون العمل، وقانون سوق رأس المال، بخلاف قانون التحكيم المصري رقم 27 لسنة 199، وهو الأمر الذي قد يؤدي إلى حدوث تعارضات في القوانين المنظمة للتحكيم.
2 - المغالاة وارتفاع نفقات التحكيم خاصة إذا اتفق الطرفان على التحكيم أمام مؤسسة دولية بالرغم من قلة قيمة النزاع؛ فقد يتكبد الخصوم مصاريف باهظة تتمثل في أتعاب هيئة التحكيم والمحامين والخبراء، والتي قد تتجاوز مصاريف التقاضي؛ فنجد مثلاً أنه على الرغم من أن حكم المحكم يعتبر بمثابة الحكم القضائي، إلا أنه يحتاج إلى اكتسابه صيغة تنفيذية لتنفيذه، وأن إكسابه صيغة التنفيذ، يحتاج إلى دعوى قضائية، وهذا يعني إضافة المزيد من المصروفات والتكاليف على عاتق الخصمين.
3 - التحكيم قد يحرم الخصوم من الضمانات التي أحاط بها المشرع عمل القاضي والتي تكفل للخصوم حرية الدفاع والتي قد يتسبب بها قلة خبرة المحكمين الذين يفصلون في النزاع وعدم كفاية الرقابة على أعمالهم.
