رغم المزايا التي يتميز بها التحكيم والتي تم ذكرها ، إلا أنه يوجد بعض العيوب التي قد تؤثر في اللجوء للتحكيم من قبل المتنازعين .
لا توجد رقابة كافيـة علـى أحكـام المحكمين وهذا يؤدى إلى احتمال حدوث بعض الانحرافات التي يصعب اكتشافها وترتيب الجزاء عليها ، كما توجد بعض القضايا التي تتسم بالتعقيد ، أيضاً وجود بعض المصاعب بها مما يكبد الخصوم مصاريف طائلة ، تتمثـل فـي أتعـاب المحكم والمحامين والخبراء وغيرهم وقد تتجاوز بكثير مصاريف التقاضي أمام محاكم الدولة .
وقد تم حصر العيوب العامة للتحكيم ومن أهمها ما يلي :
1- أحكام التحكيم لا تستأنف وتكون نهائية مما يهدر مبدأ التقاضي على درجتين ومن ثم إذا أخطأ المحكم قد لا تسعف دعوى البطلان في تصحيح الخطأ .
2 – قد تكون تكلفة التحكيم باهظة خاصة إذا اتفق الطرفان على التحكــم أمـام مؤسسة دولية مع قلة قيمة النزاع مما يكبد المواطن مصاريف باهظة وقد تدفعه إلي التنازل عن حقوقه.