تعتبر عملية التحكيم الإلكتروني هي جوهر نظام التحكيم إذ إنهـا تشمل كافة الإجراءات التي تتعلق بهذا النظام، والتي تبدأ أولـى خطواتهـا بتقديم طلب التحكيم الإلكتروني إلى الهيئة المتفق عليها بين الأطراف، والتي تتولى بدورها مهام عملها بفحص الطلب وعقد الجلسات التي تستمع فيهـا للأطراف ومرافعاتهم، ويتخللها تداول المستندات الإلكترونية، كما تتولى هذه الهيئة تطبيق القوانين والقواعد الإجرائية والموضوعية على هذا النزاع سواء كان تحديدها بناء على إرادة الأطراف أو هيئة التحكيم.
وهيئة التحكيم التي تتولى نظر هذا النزاع يتم اختيار أعضائها إمـا بناء على إرادة الأطراف أنفسهم – كما في نظام التحكيم الخاص – وإما بناءً على قواعد ولوائح الهيئات التحكيمية الإلكترونية الدائمة المختارة من قبـل الأطراف – كما في نظام التحكيم المؤسسي – وفي ظـل النظـام الاخيـر ظهرت للوجود عدة هيئات ومراكز دائمة تتـولى مباشـرة نظـام التحكــم الإلكتروني مثل القاضي الافتراضي ومحكمة التحكيم عبر الإنترنت ومحكمة التحكيم الإلكترونية التابعة للمنظمة العالمية للملكية الفكرية و جمعية التحكيم الأمريكية بشأن التحكيم الإلكتروني.
ولذلك فرض التحكيم المؤسسي نفسه على أرض الواقع في ظل التقدم التكنولوجي الرهيب في مجال الاتصالات والمعلومات لكونه أفضل من نظام التحكيم الخاص (الحر)، حيث أن المراكز والهيئات التي تمـارس التحكــم الإلكتروني تكون في الغالب متخصصة في مجالات معينة مثل مجال التجارة الإلكترونية وبالتالي يتوافر لديها الخبرة والقدرة على الفصل في مثـل هـذه المنازعات، مما يمنح الأطراف الثقة الكاملة في قدرة هذه الهيئات على حسم منازعاتهم.
